中國科學院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國科學院在西北地區(qū)建立的第一個科研機構。1987年由中國科學院和水利部雙重管理，1995年經(jīng)國家批準確定現(xiàn)所名。1998年被中國科學院列入國家知識創(chuàng)新工程首批試點單位。1999年根據(jù)國務院文件，與楊凌其它6個科教單位合并組建“西北農(nóng)林科技大學”。2001年中國科學院與教育部聯(lián)合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識創(chuàng)新工程試點單位繼續(xù)納入中國科學院研究機構序列。
近期定位為：面向全國，以黃土高原為重點，以國家水土保持與生態(tài)安全為核心，重點致力于土壤侵蝕過程與模擬、水土保持與生態(tài)修復、旱地農(nóng)業(yè)與水土資源高效利用的研究，解決水土保持與生態(tài)建設中的重大科學技術問題。探索我國科教體制改革新型研究所發(fā)展的模式與機制,建成“產(chǎn)-學-研”有機結合的國際知名研究機構。
設有黃土高原土壤侵蝕與旱地農(nóng)業(yè)國家重點實驗室、國家節(jié)水灌溉楊凌工程技術研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術研究中心、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、信息技術部等5個研究和技術支撐單元。在黃土高原不同類型區(qū)，建有國家安塞水土保持綜合試驗站、國家長武黃土高原農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗站、固原生態(tài)試驗站(林草生態(tài)研究室)、神木侵蝕與環(huán)境教育部野外科學觀測研究站和楊凌水土保持野外科學試驗站等野外站。建有人工模擬降雨大廳和人工模擬干旱大廳等重要科研平臺，形成了集基礎研究、應用研究、試驗與示范、技術轉移、決策服務于一體的水土保持科研體系。同時設有黨政辦公室、科技辦公室、人事和保障辦公室、研究生部等管理服務單元。
截至2019年9月底全所在職職工197人、客座研究員20人，其中：中國科學院院士1人、中國工程院院士1人、國際歐亞科學院院士1人;正高職稱67人、副高職稱54人;博士生導師57人。擁有土壤學、生態(tài)學和水土保持與荒漠化防治3個博士及碩士學位授予點，環(huán)境工程1個專業(yè)碩士學位授權點，設有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、生態(tài)學兩個博士后科研流動站。現(xiàn)有在學研究生482人。
水土保持研究所以“團結、敬業(yè)、求實、創(chuàng)新”為所風，凝練出以“樸實厚重，無私奉獻”為內(nèi)涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎.
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